第1章 藥物晶體學概述 //001
1.1 晶體學概述 001
1.1.1 X射線衍射 001
1.1.2 中子衍射 002
1.1.3 電子衍射 002
1.2 晶體學的發展歷程 003
1.2.1 X射線衍射分析相關的諾貝爾獎 003
1.2.2 我國X射線晶體學的發展歷程 004
1.3 藥學概述 005
1.4 晶體學與藥學的關系 005
1.5 藥物晶體學的研究范圍 008
1.5.1 分子的手性對藥效的影響 008
1.5.2 晶型對藥物的影響 009
習題 010
參考文獻 010

第2章 晶體 //012
2.1 晶體的概念和分類 012
2.1.1 物質的氣態、液態和固態 012
2.1.2 單晶、孿晶、粉晶、準晶、液晶 016
2.2 晶體的對稱性 018
2.2.1 晶體的特征對稱元素-平移 018
2.2.2 晶體的宏觀對稱元素 019
2.2.3 晶體的微觀對稱元素 020
2.2.4 對稱元素的組合 021
2.2.5 點群、晶胞和空間群 022
2.3 晶體生長 030
2.3.1 晶體生長原理 030
2.3.2 晶體生長的影響因素 030
2.3.3 有機分子晶體生長的常用方法 030
2.4 晶體的保存 033
習題 033
參考文獻 034

第3章 X射線的產生和性質 //035
3.1 X射線的產生 035
3.2 X射線的性質 036
習題 037
參考文獻 037

第4章 晶體對X射線衍射的原理 //038
4.1 衍射現象 038
4.2 勞厄發現晶體對X射線的衍射效應 039
4.3 布拉格父子發現晶體對X射線衍射的條件 039
4.4 X射線衍射原理 040
4.5 衍射信息的記錄方法 041
4.6 晶體結構計算方法 043
4.7 單晶衍射分析的一般步驟 044
習題 044
參考文獻 045

第5章 單晶衍射實驗 //046
5.1 單晶的選擇 046
5.2 單晶X射線衍射實驗的步驟 046
5.3 單晶衍射實驗的安全注意事項 047
習題 048
參考文獻 048

第6章 應用Shelxs軟件解析晶體結構 //049
6.1 Shelxs軟件簡介 049
6.2 Shelxs軟件安裝 050
6.3 Shelxs軟件的使用 052
6.4 Shelxs軟件的應用實例 053
習題 083
參考文獻 083

第7章 應用Olex2軟件解析晶體結構 //084
7.1 Olex2軟件簡介 084
7.2 Olex2軟件安裝 085
7.3 Olex2軟件解析晶體結構的步驟 086
7.4 Olex2軟件應用實例1 086
7.5 Olex2軟件應用實例2 108
習題 112
參考文獻 112

第8章 晶體中無序結構的處理 //113
8.1 無序概述 113
8.2 無序的種類 114
8.3 無序的處理方法 115
8.3.1 實例1 118
8.3.2 實例2 123
8.3.3 實例3 126
8.4 總結 134
習題 134
參考文獻 136

第9章 使用Diamond軟件繪制晶體結構圖 //137
9.1 Diamond軟件簡介 137
9.2 結構導入 137
9.3 界面簡介 139
9.4 繪圖前的設置 140
9.5 繪圖 142
9.5.1 繪制基本結構單元 142
9.5.2 繪制晶胞 143
9.5.3 繪制多個晶胞 143
9.5.4 繪制復雜圖形 145
9.5.5 繪制簡單拓撲圖形 148
9.5.6 繪制復雜拓撲圖形 149
9.5.7 分子三維結構圖的繪制 149
9.5.8 空腔體積的繪制 152
9.5.9 分子相互作用的繪制 156
9.5.10 晶胞堆積圖的繪制 160
習題 162
參考文獻 162

第10章 單晶X射線晶體學在藥學研究中的應用 //163
10.1 微量化合物、新化合物或全未知化合物的分子結構測定 164
10.2 以共晶方式存在的混合物分子結構測定 164
10.3 分子絕對構型的測定 165
10.4 構象分析 166
10.5 分子間相互作用分析　 166
10.6 原料藥中溶劑分子的確定　 167
10.7 生物大分子及其復合物的結構測定　 167
10.8 計算機輔助藥物分子設計 168
10.9 獲得可發表的晶體數據 168
習題 169
參考文獻 169

第11章 藥物粉晶X射線衍射分析 //170
11.1 粉晶X射線衍射分析的發展歷程 170
11.2 粉晶X射線衍射分析的基本概念 171
11.3 粉晶X射線衍射儀 173
11.4 粉晶X射線衍射分析在藥學研究中的應用 174
11.4.1 基于粉晶X射線衍射技術的晶型藥物定性鑒別 175
11.4.2 基于粉晶X射線衍射技術的晶型藥物定量分析 176
11.5 粉晶X射線衍射分析與其他分析方法的聯用 178
11.6 粉晶X射線衍射與單晶X射線衍射的對比 179
11.7 X射線與無定形物質的作用 181
11.8 粉晶X射線衍射分析實例 181
習題 188
參考文獻 189

第12章 蛋白質晶體學與藥-靶相互作用 //192
12.1 蛋白質晶體學概述 192
12.1.1 蛋白質的四級結構 192
12.1.2 蛋白質結構的測定方法 195
12.1.3 蛋白質晶體學的發展歷程 196
12.2 蛋白質樣品的準備 200
12.2.1 常用蛋白表達系統 201
12.2.2 蛋白質的提取、分離和純化 202
12.2.3 蛋白質含量測定 205
12.3 蛋白質晶體培養 205
12.3.1 蛋白質晶體培養方法 205
12.3.2 蛋白質晶體培養過程 206
12.3.3 蛋白質晶體的辨別 207
12.3.4 蛋白質晶體培養條件的優化 208
12.4 蛋白質晶體衍射和數據解析 208
12.4.1 蛋白質晶體衍射數據的收集 208
12.4.2 蛋白質晶體衍射數據的解析 209
12.5 藥-靶相互作用分析 211
12.6 蛋白質晶體結構解析實例 212
習題 213
參考文獻 213

附錄1 晶體衍射原始數據 //214

附錄2 習題參考答案 //214