第1章 評估新藥靶點的化學策略 001 1.1 引言 001 1.2 化學基因組化合物和化學探針的使用和研究案例 004 1.2.1 化學基因組學庫 005 1.2.2 無活性對照 006 1.2.3 生物靶點組的使用和分析 007 1.3 化學探針的開發 008 1.3.1 從BIX01294至EPZ035544：G9a/GLP抑制劑的開發和優化/ 008 1.3.2 BRD9抑制劑的開發 010 1.4 基于患者來源細胞的化合物靶點評估 012 1.4.1 基于化合物的靶點評估 012 1.4.2 患者來源的細胞測試 013 1.4.3 靶點評估的方法 013 1.4.4 案例：炎性腸病組織平臺 014 1.5 總結與展望 015 參考文獻 016 第2章 基于親和力的化學蛋白質組學靶點識別 021 2.1 引言 021 2.2 分子表型作用機制的闡明 023 2.3 蛋白質檢測讀出的定量高分辨率質譜法 024 2.4 基于裂解物親和性的化學蛋白質組學 027 2.4.1 親和探針的設計 027 2.4.2 常規實驗的下拉工作流程 028 2.4.3 限制 033 2.5 基于細胞內光親和力的化學蛋白質組學 034 2.5.1 PAL探針的設計 034 2.5.2 常規實驗工作流程 035 2.5.3 限制 035 2.6 靶點確證和作用方式 035 2.7 總結 038 參考文獻 039 第3章 化學蛋白質組學技術 045 3.1 引言 045 3.2 基于活性的探針和基于親和力的探針設計 046 3.2.1 活性部分（反應基團） 046 3.2.2 報告標簽 049 3.2.3 連接臂 049 3.2.4 生物正交化學 050 3.3 化學蛋白質組學工作流程 052 3.3.1 質譜定量蛋白質組學 053 3.4 ABPP應用及案例研究 056 3.4.1 案例研究1：基于活性的蛋白質分析是一種嗜極古菌中酶鑒定和篩選的強大方法 057 3.4.2 案例研究2：脂肪酸酰胺水解酶抑制劑的臨床試驗失敗 060 3.4.3 案例研究3：小分子抑制劑的靶點識別 062 3.4.4 案例研究4：光