前言
**章 緒論
**節 生物分子數據庫
一、核酸數據庫
二、蛋白質數據庫
三、生物大分子結構數據庫
第二節 線粒體基因組研究
一、動物線粒體基因組的基本特征
二、線粒體基因組的分析方法
三、線粒體基因組的進化特征
四、DNA條形碼的應用
第三節 分子系統發育分析
一、分子序列數據的特點
二、重建系統發育關系
三、分子系統發育分析的常用軟件
第四節 適應性進化分析
一、分子進化的中性學說
二、適應性進化檢測的原理和方法
三、基于密碼子水平分析線粒體基因組的選擇壓力
四、適應性進化檢測的常用軟件——CODEML
第五節 cDNA文庫的構建及EST技術的應用
一、SMART cDNA文庫
二、EST技術的應用
三、電子克隆技術及其應用
第六節 裂腹魚類的研究概述
一、裂腹魚類的起源、分布、形態和分類
二、裂腹魚類的演化與青藏高原環境變化的關系
三、裂腹魚類線粒體基因的研究現狀
第二章 拉薩裸裂尻魚、異齒裂腹魚和拉薩裂腹魚線粒體全基因組的測定
**節 材料與方法
一、樣品采集
二、實驗儀器與試劑
三、實驗方法
第二節 結果與分析
一、線粒體全基因組的結構特征
二、蛋白質編碼基因
三、tRNA基因
四、rRNA基因
五、D-Loop區
六、密碼子使用分析
七、與其它鯉科魚類線粒體全基因組的比較
第三節 討論
第四節 小結
第三章 用線粒體基因組和RAG2探討鯉科的系統發育關系并估算分歧時間
**節 材料與方法
一、外類群的選擇
二、數據來源
三、數據分析
四、系統發育樹的構建
五、分歧時間估算
第二節 結果與分析
一、序列分析
二、系統發育分析
三、分歧時間估算
第三節 討論
一、序列變異及其系統發育意義
二、不同構樹方法的比較
三、亞科間的進化分析
四、裂腹魚亞科的分支發生事件
第四節 小結
第四章 用線粒體全基因組探討裂腹魚類的適應性進化
**節 材料與方法
一、數據來源
二、dN/dS分析
三、正選擇位點檢測
第二節 結果與分析
一、鯉科rRNAs & PCGs聯合基因的適應性進化檢測
二、裂腹魚亞科CYTB基因的適應性進化檢測
第三節 討論
第四節 小結
第五章 拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構建、EST測序及生物信息學分析
**節 材料與方法
一、實驗材料
二、實驗儀器與試劑
三、實驗方法
第二節 結果與分析
一、總RNA的提取和mRNA分離
二、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構建和鑒定
三、EST測定及生物信息學分析
第三節 討論
一、拉薩裸裂尻魚肝臟cDNA文庫的構建
二、EST序列的生物信息學分析
第四節 小結
第六章 總結與展望
一、本研究的主要結果
二、進一步的研究方向
參考文獻