序 **章 緒論 1.1 研究背景 1.2 真核基因的內含子特征 1.2.1 AG-GT型內含子的特征 1.2.2 AT-AC型內含子的特征 1.3 內含子的進化 1.3.1 內含子的起源 1.3.2 內含子的獲得與丟失 1.4 內含子的功能 1.4.1 內含子的生物學功能 1.4.2 內含子對mRNA的代謝功能 1.5 剪接體內含子促進逆境下細胞生存 1.6 ncRNA調控基因表達的功能 1.6.1 siRNA 1.6.2 microRNA (miRNA) 1.6.3 piRNA 1.6.4 長非編碼RNA 1.6.5 環狀RNA 1.6.6 剪切后內含子 第二章 研究方法 2.1 全局比對 2.2 mRNA折疊 2.3 堿基匹配局域比對方法 2.4 結合自由能加權局域比對方法 2.5 新對稱相對熵局域進化關聯方法 2.6 區域匹配頻率分布統計方法 2.7 信息熵分析 2.8 對照序列構建方法 第三章 線蟲核糖核蛋白基因內含子與其相應編碼序列的相互作用 3.1 數據庫 3.2 三類內含子序列上的 匹配頻率分布 3.2.1 三類內含子序列上與編碼序列的 匹配頻率分布 3.2.2 三類內含子序列上與相應外顯子序列的 匹配頻率分布 3.3 長、短內含子序列上的 匹配頻率分布 3.4 編碼序列上與相應的內含子序列的 匹配頻率分布 3.5 長、短內含子的序列特征 3.6 結果與討論 3.6.1 結果 3.6.2 討論 第四章 低等真核生物核糖核蛋白基因內含子與相應編碼序列的 相互作用 4.1 數據庫 4.2 內含子的 匹配頻率分布 4.2.1 不同內含子位置的 匹配頻率分布 4.2.2 長、短內含子的 匹配頻率分布 4.2.3 酵母內含子的 匹配頻率分布 4.3 編碼序列的 匹配頻率分布 4.4 外顯子連接處的 匹配頻率分布 4.5 序列特征分析 4.5.1 內含子 匹配片段的序列特征 4.5.2 內含子 匹配區域的序列特征 4.6 結果與討論 4.6.1 剪接后內含子在基因表達中可能的功能 4.6.2 蛋白因子結合位點的預測 4.6.3 弱相互作用 第五章 線蟲外顯子和內含子之間的序列匹配偏好與日C結合區域的關系 5.1 數據集 5.2 匹配片段的序列特征和結構 5.2.1 匹配片段的序列特征 5.2.2 匹配片段的序列結構 5.3 匹配區域對外顯子連接序列F值的影響 5.3.1 匹配區域的GC含量對外顯子連接序列F值的影響 5.3.2 匹配區域CG二核苷酸對外顯子連接序列F值的影響 5.3.3 匹配區域參數Am對外顯子連接序列F值的影響 5.4 對比所有內含子 5.5 結果與討論 5.5.1 EJC結合區域 5.5.2 競爭和協作機制 第六章 線蟲全基因組內含子與其相應編碼序列的相互作用 6.1 數據集 6.2 成熟-mRNA序列上相對匹配頻率的分布 6.3 功能位點區域上相對匹配頻率的分布 6.3.1 AUG區域和UAA區域的匹配頻率分布 6.3.2 EE區域的匹配頻率分布 6.4 匹配片段的序列特征 6.4.1 配對率和長度分布 6.4.2 G+C含量和D2值 6.5 其他內含子序列與成熟mRNA序列的匹配頻率分布 6.6 結論 第七章 基于結合自由能加權局域比對和新對稱相對熵的進化關聯 比對分析內含子與相應mRNA序列的相互作用關系 7.1 成熟mRNA序列上匹配和相對進化關聯頻率的分布 7.2 功能位點區域相對匹配和進化關聯頻率的分布 7.2.1 AUG區域和UAA區域的頻率分布 7.2.2 EE區域的相對進化關聯頻率分布 7.3 匹配和進化關聯片段的序列特征 7.3.1 長度和G+C含量分布 7.3.2 堿基關聯分析 7.4 結論 第八章 內含子長度進化機制 8.1 數據集 8.2 內含子序列上 匹配頻率分布 8.3 內含子序列的進化 8.4 內含子結構特征 8.5 內含子長度進化機制 8.6 結果與討診 第九章 核糖核蛋白基因mRNA序列與相應內含子的序列匹配偏好 9.1 數據集 9.2 mRNA序列上 匹配頻率分布 9.3 編碼序列上 匹配頻率分布 9.3.1 編碼序列的 匹配頻率分布 9.3.2 翻譯起始區域的 匹配頻率分布 9.3.3 翻譯終止區域的 匹配頻率分布 9.3.4 外顯子連接處的 匹配頻率分布 9.4 結果與討論 第十章 內含子與其相應mRNA序列相互作用的普適性分析 10.1 數據集 10.2 mRNA的 匹配頻率分布 10.3 功能位點附近的 匹配頻率分布 10.3.1 翻譯起始位點的 匹配頻率分布 10.3.2 翻譯終止位點的 匹配頻率分布 10.3.3 外顯子連接處的 匹配頻率分布 10.3.4 外顯子連接處的 匹配頻率分布 10.3.5 中間外顯子連接處的 匹配頻率分布 10.4 內含子 匹配片段的序列特征 10.4.1 配對率和長度分布 10.4.2 GC含量和D2值 10.5 結果與討論 第十一章 總結與展望 11.1 工作